ФЭИ — правопреемник одной из первых организаций атомного проекта СССР, Лаборатории «В», которая была создана 31 мая 1946 года. В 1953 году Лаборатория вошла в Министерство среднего машиностроения, а в сентябре 60-го была переименована в Физико-энергетический институт.
В 1994 он получил статус Государственного научного центра страны, а ещё через два года ФЭИ стал носить имя Александра Лейпунского.
Институт участвовал в разработке проектов реакторных установок гражданского и военного применения. Однако не только Первая в мире АЭС прославила ФЭИ, визитной карточкой института также являются реакторы на быстрых нейтронах.
В данный момент перед руководством научного института стоят глобальные задачи в сфере радиохимии, ядерной медицины и радиационного материаловедения.
